2025-05-28 06:09:45
用途基因功能研究、免/殺傷/增殖等、抗體活性篩選(細胞水平的結合和阻斷)、CAR分子的殺傷活性評價。材料與儀器(以慢pMSCV載體為例)包含目的基因和eGFP-Tag的pMSCV質粒、帶有eGFP-Tag的pMSCV空載質粒、GAG質粒、VSV質粒、Puromycin、Polybrene、Lipo3000、HEK293T細胞、opti-MEM、DMEM、FBS、雙抗、μm的濾膜、熒光顯微鏡等。步驟1、基因的構建1)根據目的基因mRNA編碼區設計引物,分別在引物兩端加入酶切位點EcoRI和BglII。2)從細胞中提取目的基因mRNA,然后逆轉錄成cDNA,然后從cDNA里面用引物把目的基因的CDS區擴增出來。PCR擴增出帶有酶切位點的目的基因編碼區序列,連接至pMD19-T載體后轉化至感受態DH5α,分別進行菌落PCR鑒定和酶切鑒定。3)使用EcoRI和BglII雙酶切下目的基因序列,電泳割膠回收純化,連接到pMSCV-eGFP載體。再次轉化到感受態DH5α,菌落PCR鑒定和酶切鑒定成功后,送至公司測序、鑒定。4)鑒定成功后,將質粒轉化至感受態DH5α中,并進行無內質粒抽提。GAG質粒和VSV質粒同樣可以轉化至感受態DH5α中,并進行無內質粒抽提。質粒抽提后冷凍于-20℃保存。2、慢包裝1)使用DMEM完全培養基培養6cm皿HEK293T至匯合度為70~80%。干貨分享 | PCR反應污染原因追蹤及污染處理方法。上海病理科研技術服務實驗室
原理以慢病毒包裝為例,主要包括3個質粒:質粒DNA可以轉錄出慢病毒遺傳物質(RNA),但不能翻譯出慢病毒的外殼及蛋白成分的載體質粒,其同時含有目的基因和報告基因,psPAX2是可以表達慢病毒外殼的質粒,其表達產物可通過粘附機制更易穿過細胞膜。為慢病毒的膜蛋白質粒,通過脂質體進行三質粒共轉到靶細胞基因組中,宿主基因組在表達時,隨宿主基因轉錄出的目的基因RNA與psPAX2、基因翻譯出的蛋白組裝為慢病毒。病毒進入細胞后,其遺傳物質RNA逆轉錄出DNA,該基因再整合到靶細胞的基因組中,完成轉染過程。因為質粒DNA只能轉錄出病毒RNA和表達目的基因卻不能表達出病毒的外殼和膜蛋白成分,因此其不能像普通的病毒一樣在宿主細胞能反復增殖,故對宿主細胞是無害的并且高效的將目的基因轉染到靶細胞基因組中。用途病毒產生,包裝病毒。材料與儀器無菌1×PBS,對數期293T細胞,細胞計數器,病毒質粒(以慢病毒為例:psPAX2/),轉染試劑(lipMax或者lipo3000),Polybrene、病毒濃縮液(生物公司有售)等。步驟(1)293T細胞鋪板取對數生長期的293T細胞,用的胰蛋白酶消化293T細胞,計數。若是10cm大皿,建議按照10-12×106每皿的數量將293T細胞均勻鋪入。若是6孔板。上海模式科研技術服務培養生物分子學的研究范圍非常廣,包括蛋白質、核酸、糖類、脂質等生物分子的結構、功能和相互作用等方面。
轉錄組和m6A分析顯示精子發生相關基因的表達和選擇性剪接發生了改變[19]。YTHDC2可促進靶基因的翻譯效率,并降低其mRNA的豐度,在精子發生過程中起關鍵作用。當減數**開始時YTHDC2表達上調,YTHDC2敲除小鼠的生殖細胞沒有經過偶線期的發育導致小鼠不育[20]。在DNA損傷反應中,METTL3可促進DNA聚合酶κ(Polκ)與核酸剪切修復途徑快速定位到UV引起的DNA損傷位點,當缺失METTL3時,細胞無法迅速修復UV照射引起的突變,并且對UV照射更加敏感[25]。在淋巴細胞性小鼠過繼轉移模型中,Mettl3缺陷通過影響mRNAm6A修飾,降低SOCS家族mRNA衰減,增加mRNA和蛋白表達水平,從而抑制IL-7介導的STAT5活性和T細胞內穩態增殖和分化,進而抑制腸炎的發生[21]。在肝中,METTL14通過調控pri-miRNA的m6A修飾,影響MiR-126的生成加工,從而抑制肝的轉移[22]。在乳腺細胞中,低氧刺激能促進依賴低氧誘導因子HIF的ALKBH5的表達,而ALKBH5過表達降低了NANOGmRNA的m6A修飾,從而穩定mRNA提高NANOG的表達水平,終增加乳腺干細胞所占的比例[23]。此外,低氧誘導乳腺細胞中依賴ZNF217的NANOG和KLF4的mRNAm6A甲基化抑制,且ALKBH5敲除降低免疫缺陷小鼠乳腺的肺轉移[24]。在肺中。
圖2MAZTER-Seq實驗流程圖圖3MAZTER-MINE分析m6A示意圖接下來作者便是要驗證這一新方法的可行性了。在酵母中敲除IME4的情況下,檢測到的剪切效率高于野生型(剪切效率高低m6A水平),m6A抗體富集后的樣品剪切效率也低于未富集的Input組。整體水平可靠,那檢測的特異性位點是否準確呢?作者也將該方法檢測到的新甲基化位點使用放射標記層析檢測,發現預測的位點準確存在而且與剪切效率相符合。如圖5所示。而圖6中,作者則是與m6A抗體IP的方法進行了比較,也證實了這一方法的可行性。圖5MAZTER-Seq檢測結果驗證圖6MAZTER-Seq與m6A-Seq比較分析此外,后文中作者也在大規模的CRISPR-Cas9改變m6A狀態和酵母減數**模型中檢測了MAZTER-Seq這一系統;并進一步通過這一方法檢測了哺乳動物不同細胞間m6A水平的保守性;也探究了去甲基化酶FTO對整體m6A甲基化水平的影響等。這里小編主要給大家分享這一新技術,其他部分暫不過多分析了。新的技術能拓展我們的研究內容;對于這一技術。此外,動物模型的倫理問題也不容忽視,科研人員需要在符合倫理規定的前提下進行相關研究。
準備碎冰和。把膜置于甲醇溶液中活化1分鐘,然后轉移至轉膜液中平衡3分鐘后備用。2、轉膜組裝轉膜三明治夾,這一步很關鍵,重要的是膠和膜之間不能有氣泡且膜與膠要保證貼合緊密(否則會翻車),可以加多點轉膜液泡著。組裝好后加滿轉膜液,設置電源參數,我習慣恒流轉膜,200-280毫安,1-2小時,根據分子量定,如50KD的分子用60分鐘就夠了。如果一個電源帶兩個轉膜大槽即四塊膠,我就會用恒壓70-110V。這個過程重要的是做好降溫。這里簡單說一下蛋白分子量與玻璃板厚度,分離膠的濃度,轉膜電源參數的選擇問題。如果是能用1毫米的玻璃板就不用,因為轉膜是在電場的作用下蛋白分子從膠上遷移到膜上,1毫米膠的蛋白遷移距離要比。選擇更薄的膠蛋白轉膜時間可以減少,從而減少發熱,以免膠變形,條帶也會更好看。然后是分離膠的濃度,如果是150—200KD的分子選10%以下的的分離膠,200—300KD的選8%的,300KD以上的選6%的,小于30KD的200mA30分鐘,30-100KD的按分子量的數值算,如70KD,250mA70分鐘;100-150KD的250mA100分鐘;150—300KD的分子轉膜條件用280毫安(以上均是對于,),120分鐘足矣,前提是膠的濃度相適應。五、封閉孵一抗1、封閉轉膜結束后。細胞核是細胞的控制中心,它包含了遺傳物質DNA,控制著細胞的生長和**。上海動物科研技術服務構建
培養基有很多不同的名字是因為根據不同細胞的培養和應用場景。上海病理科研技術服務實驗室
RNA各種可逆的化學修飾被認為是一種新的表觀遺傳調控方式。m6A是真核生物mRNA常見的化學修飾,在調控mRNA穩定性,剪切和翻譯方面具有重要的作用。作者使用轉錄組測序發現了METTL3(甲基轉移酶3),一種主要的RNAN6-腺苷-甲基轉移酶,在人肝細胞(HCC)和多種實體中高表達。在臨床上,METTL3的過度表達與肝細胞患者不良預有關。體外實驗證明敲除METTL3會抑制HCC細胞增殖,遷移及克隆形成。體內實驗證明敲除METTL3會明顯抑制HCC體內成瘤和肺轉移。另外,使用CRISPR/dCas9-VP64系統,內源性高表達METTL3會促進HCC細胞在體外和體內生長。通過轉錄組測序、m6A-Seq、MeRIP-PCR,作者確定了SOCS2(細胞因子信號2的抑制因子)作為METTL3介導的m6A修飾的下游靶基因。敲除METTL3表達會消除SOCS2mRNAm6A修飾并增強SOCS2mRNA表達。m6A介導的SOCS2mRNA降解是依賴于m6A“讀取器”蛋白YTHDF2??傊?,METTL3在HCC大部分高表達中,并通過m6A-YTHDF2依賴機制抑制SOCS2表達從而促進HCC進展。因此,作者發現了在肝發生過程中表觀遺傳改變的一種新機制。圖4RNA甲基化轉移酶METLLT3在肝組織中高表達。上海病理科研技術服務實驗室